受到碧姬公主邀请，马力欧来到祭典。但在城堡等待的，却是被变成摺纸的碧姬公主与身为摺纸的「奥利王」。奥利王将奇诺比奥等等的「纸片」都摺了起来，并扬言要将整个世界都变成摺纸，还将碧姬公主连同城堡都送到了遥远的山上。马力欧和奥利王的妹妹「奥莉维亚」一起，偶尔加上「纸片」库巴军团为了前往被占领的碧姬公主城堡而周游世界，以阻止奥利王的野心。
《纸片马力欧》系列最近的作品中动作冒险元素都较强，而本作则是“拥有大量动画的剧情主导型RPG”。同时游戏中同样会活用马力欧的动作元素进行解谜，玩家可以充分享受到RPG和动作冒险两种乐趣。
本作采用了拼图×动作的新型战斗模式——360°战斗。在战斗中玩家可以将地板上的圆环旋转和滑动用以排列敌人的位置。位置设定好之后，即可选择武器对敌人进行攻击。如果成功排列敌人的话，马力欧的攻击力会变成1.5倍可以将敌人一网打尽。
在游戏中，除了战斗外玩家还需要解决很多纸片和折纸纠缠而成的谜题。玩家需要使用各种手段以及神之手进行解谜。只要启动有手掌标记的神奇魔法阵，“神之手”便会出现。神之手可以拉开墙壁、敲打树木、抓取远方的物件。将手柄倾向上下左右等方向，便可以操作神之手，解开各式各样的机关！
本作中可以探索的地区也是非常的丰富，德库山、奇诺比奥镇、枫叶山、江户园地、热沙大沙漠、汪洋、丛林温泉。当然这些地区都会拥有自己的地区特色，它们都等待着玩家前来探索。
NS上玩游戏除了用JC和PRO手柄，通哥家的北通宙斯机械游戏手柄也是一个不错的选择。机械按键触发速度更快，手感更好。不同高度的摇杆组件满足你个性化的需求，背键、连发、宏都会让游戏过程更加便利。