《天命奇御二》以北宋中期为背景，朝廷与北方势力订定盟约后，边境对峙的关系稍见和缓，加上西北方的对抗尚未成形，使得国内各地客商云集，经济贸易更为发达。汴梁城的商家经年夜半凌晨才关张，未及清晨又再度开市，整个都城充满着奢华的气息，终日欢腾，宛若不夜之城。
本作战斗系统不同于一代进入战斗时需切换场景，在游戏中玩家遇见怪物时，可即刻触发战斗或绕道逃跑。不切换场景进行即时战斗，让玩家按照自己的养成进行相关规划。
少年侠客诸葛羽继承父志，与神秘组织「抗天盟」交手，最终识破惊天之谋，拯救了天下社稷和黎民苍生的故事。游戏的剧情任务层层叠进，玩家需要通过缜密的思考，推理出关键的线索，从而破解一桩桩情节破朔迷离的奇案。