欢迎来到真相的荒漠。
托马斯·安德森在看到真相成为救世主之前，墨菲斯曾向他提供了红蓝两种药丸。两种药丸分别象征着真相和谎言，让尼欧自行选择留在“母体”还是接受残酷的现实世界。这几乎成了《黑客帝国》系列最重要的标志性场景，也是现代流行文化的重要图腾之一。
蓝药丸
电影中墨菲斯对两种药丸进行过简单的介绍：
“你吃下蓝色的药丸，那故事就到此为止，你会在自己的床上醒来，然后相信你自己愿意相信的东西”。
所以许多人把蓝药丸看作是一段重置代码，能够让服用者忘记自己曾经的经历，以及遇到过的“锡安人”（脱离“母体”连接的克隆人以及自然繁殖人类的统称）。
实际上“蓝药丸”并不具备篡和清除改人类记忆的功能，对服用者也不会产生任何作用（真正起作用的是红药丸），毕竟记忆存在于现实人类的大脑，而非保存在“母体”，所以“蓝药丸”只是象征着一个选择。对于那些选择了逃避的人，他们服下蓝药丸之后非但不会忘记之前的“非正常接触经历”，还会清楚地记得自己曾经做出过的选择，继续活在自以为的“现实世界”里。
这样的选择往往会把人逼疯，在早先的一部官方漫画中就出现过一个选择了“蓝药丸”的“程序员”，不过之后她一直无法释怀自己的选择，幻想自己如果选择了“红药丸”之后会有什么样的境遇，世界的真相又会是什么样子。久而久之，这种好奇心终于将其吞噬，她也最终选择了自杀。
红药丸
“你吃下红药丸，你可以继续留在这个仙境（wonderland），而我将向你展示这个‘兔子洞’有多深。”
相比之下，红药丸才是真正起作用的代码。最终目的自然就是将服用它的人从“人体发电厂”中解救出来。所以红药丸至少具备以下几个功能：
1. 唤醒。
它可以安全地切断服用者与“母体”之间的联系（不是将目标杀死，因为“母体”当中的死亡也意味着现实世界里的死亡），让目标能够暂时从培养仓里苏醒过来。
所有意外苏醒的“人体电池”都会被视作“废料”。苏醒过的人重新回到“母体”会特别不稳定，有时候还能记得曾经看到过的“地狱景象”，所以很快就会有负责那一区域的机器人前来将其回收，腾出的培养仓会马上补充一名新的“人体电池”，而这名“人体废料”就会随着下水道进入废料池，等待处理成供给其他人的养料。
2. 定位。
红药丸在生效的同时还需要定位服用者本体在“发电厂”里的具体位置，这样才能方便在废料池附近待命的锡安辐射飞船迅速将其接走。
3. 切断R.S.I
“R.S.I”（Residual self image）是指人类的自我意识在“母体”当中的投影，这也是为什么每个人在“母体”里的外貌看上去都和现实世界差不多。
不过“人体电池”的R.S.I都受到“母体”的控制和操纵，所以“特工”（Agent）可以感知到附近所有普通人类的感官信息，并且随意征用他们的R.S.I，看上去就像是占据了他们的身体。所以每一个被回收的人类就必须要切断自身R.S.I同“母体”的联系，避免自己重新接入“母体”之后的R.S.I被“特工”占据。
被“特工”占据的普通人并不会立即死亡，除非特工受到致命伤害，他们会从当前的R.S.I脱离出去，征用另一个R.S.I。如果特工没有在受到致命伤之前就转移，那么之前的人还会继续活着，只是不记得被征用那段时间的任何事情。这部分内容电影中没有出现，只是在漫画中被提到。
使用红药丸还有着诸多限制，首先当然是需要有锡安电磁辐射飞船在“发电厂”的废料池附近待命，保证能够第一时间接走被回收的人类。
其次，并不是所有年龄的人都可以被回收。漫画中，有一名锡安抵抗军的成员试图将自己的父母从“母体”中唤醒。给他们喂食了红药丸之后，结果两名老人醒来后看到“人体发电厂”的可怕情景，导致他们立刻死于心脏衰竭。
后来人们就发现，人的年纪越大，回收的危险性就会成倍提升。因为随着人年龄的增长，其世界观和信仰就逐渐成熟，一旦在毫无防备的情况下将其摧毁，会在生理和心理上同时造成不可逆的巨大创伤。所以大部分回收的人类都处于青少年时期，像尼欧/托马斯·安德森这个年龄被回收是相当危险的，墨菲斯在电影里也提到过这一点。
